有害生物風險分析的核心內容是風險評估和風險管理。有害生物風險評估是指：“確定有害生物是否為檢疫性有害生物并評價其傳入的可能性。”有害生物風險管理是指：“為降低檢疫性有害生物傳入風險的決策過程。”

1．起始 通過識別有害生物及其環境條件界定其危害。

（1）起點。有害生物風險分析可以由以下3種活動開始：查明有潛在有害生物的途徑；查明可能需要采取植物衛生措施的有害生物；審議或修改植物衛生政策和重點活動。

（2）確定有害生物風險分析地區。應盡可能確切地確定有害生物風險分析區，以便收集這些地區的信息。

（3）信息收集和審查早先的有害生物風險分析。收集各種有關信息，包括有害生物的特性、分布、寄主、與商品的聯系等。信息可以有各種來源，提供有害生物狀況的官方信息是IPPC成員應履行的義務，因此可以通過其官方聯絡點索取。應當檢查是否已經進行了有害生物風險分析。若已經做過，要核實其有效性。

2．有害生物風險分析 首先要確定有害生物是否是檢驗性有害生物，即是否對受威脅的地區具有潛在的經濟重要性（經濟重要危害性標準）、但尚未在該地區發生，或雖已發生但分布不廣（地域標準）并進行官方控制。可以得出風險是否可以接受以及是否需要和可能降低的結論。如果是超過了一個國家所確定的適當的保護水平的風險是不可接受的風險。

（1）有害生物分類。明確有害生物的特性，核實其是否存在于分析地區，其管制狀況如何，定殖和擴散潛力及經濟影響潛力怎樣。

（2）評估傳入和擴散的可能性。評價有害生物進入的可能性、定殖的可能性和定殖后擴散的可能性。查明有害生物風險分析地區中生態因子利于有害生物定殖的地區，以確定受威脅地區。

（3）評估潛在的經濟影響。考慮有害生物的影響，包括直接影響（對有害生物分析地區潛在寄主或特定寄主的影響，如產量損失、控制成本等）和間接影響（如對市場的影響、社會的影響等），分析經濟影響（包括商業影響、非商業影響和環境影響），查明有害生物風險分析地區中有害生物的存在將造成重大經濟損失的地區。

3．有害生物風險管理   確認可以降低風險的選擇方案，評價這些方案的效率和影響，并決定或推薦可以接受的降低風險的措施。

（1）風險水平及其可接受性。根據所確定的適當的保護水平，如果風險不能接受，就需要考慮將風險降低到可接受的水平或低于可接受水平的植物衛生措施。

（2）確定和選擇適當的風險管理方案。考慮選擇各種植物衛生措施和各種植物衛生措施的組合，包括：應用于貨物的措施、為阻止或減少在作物中蔓延的措施和確保生產地區、產地或生長點或作物沒有有害生物的措施，國內的控制措施以及禁止輸入的措施。

（3）植物衛生證書和其他遵守措施。考慮適當的遵守措施，包括出口驗證，要求在植物衛生證書中證實執行了風險管理的措施。

風險分析不是一個簡單的過程，在選擇有效的降低風險的風險管理方案時，要運用風險評估結果所決定的風險控制方法及其對風險的削減程度。在風險評估中可以確定采取措施前的基準風險水平，在風險管理中將這一基準風險水平與采取措施降低后的風險相比較，測定植物衛生措施的有效性。

風險評估和風險管理之間有著直接的依賴關系，且本質上都具有分析的特性。風險管理的意義在于對降低風險的方案的識別和評價，雖然廣義上風險管理也包括決策制訂和實施（運作方面），以及在實踐中降低風險的工作系統，但通常并不認為是風險分析過程的一個組成部分。

有害生物風險分析要確認風險評估和降低風險的風險管理措施相關的“不確定性”，明確不確定性的領域和不確定性的程度。不確定性是由于信息的不完整或可獲得的信息的不斷變化造成的。確認不確定性的目的是給決策者提供盡可能完整和客觀的意見。