根據污染食品的有害因素的性質，可概括為以下五大類：
(1)生物性污染
1)微生物污染：如細菌及其毒素的污染，霉菌及其毒素的污染。
2)寄生蟲及蟲卵的污染：如蛔蟲、絳蟲、旋毛蟲等。
3)昆蟲污染：如糧食中的甲蟲類、蛾類、螨類等。肉、魚、醬、咸菜中的蛆、蠅等；某些干果、糖果中害蟲等。
(2)化學性污染
1）重金屬等：汞、鎘、鉛、砷、氟等。
2)有機物：有機磷、有機氯、除蟲菊酯、激素、食品添加劑等。
3)無機物：亞硝酸鹽、亞硝胺、食品添加劑等。
4）食品違禁添加物等
(3)放射性污染。
（4）物理性污染：一些金屬異物、玻璃等物理性異物。
（5）毒素類；植物或動物體內產生或殘留的部分毒素：黃曲霉毒素、PSP、DSP等