一、瓶裝發酵料。在培養基的上方離瓶口4厘米處裝入1-2厘米深的發酵料，再滅菌。其優點是雜菌不易浸染培養基，并且菌種的菌齡一致。污染率可降在30%以上。

二、麥粒發芽法。讓麥粒發芽后再裝瓶滅菌。即一次性讓做菌種的麥粒發芽，芽的長度為麥粒長度的1-2倍，再充分曬干貯存。到做菌種的前1天，浸泡麥粒12小時，直接裝瓶滅菌。其優點是省去煮麥粒的過程，發菌快，雜菌少，污染率在2-3%。

三、使用液體菌種。污染率可降至2%。

四、從原種瓶的下部接菌。污染率可降至3%。建議將正常原種瓶口上部1/5的原種棄掉，防止肉眼看不到的雜菌污染栽培種。

五、高溫季節，接菌時間提前或延后。在一天中氣溫較低的時段接菌，如早晨或晚上。在有空調的室內接菌效果更佳，污染率5%以下。