在番鴨飼養過程中，常發病為細小病毒病、小鴨病毒性肝類和啄羽癖。 為了貫徹預防為主的原則，通常采用以下預防方法：
　　1.細小病毒病。用福建省農科院研制的雛番鴨細小病毒疫苗，于3～5日齡時免疫接種， 每羽皮下或肌肉注射0.3毫米。
　　2.小鴨病毒性肝炎。用其弱毒疫苗進行主動免疫，或在發病初期用卵黃抗體進行緊急被動免疫。
　　3.啄羽癖。在群養番鴨的羽毛快速生長期，推廣應用及早添加“微量元素”，劑量要比常規大1倍，即每百公斤飼料中添加100克，必須拌勻，或在2 周齡時斷象。在日常飼養管理中，結合加強衛生消毒， 建立防疫制度，降低番鴨死亡率。