棉籽餅粕是一種優質的植物性蛋白飼料，來源廣泛、營養豐富。由于棉籽餅粕中含對家畜有毒副作用的棉酚，在很大程度上制約了其在飼料中的應用，在農村被限量飼喂奶牛、肉牛，而大部分被作為肥料使用，造成很大的浪費。通過對棉籽餅粕的發酵處理，則可使其成為優良的高蛋白飼料。

微生物發酵原理是利用微生物發酵降解，不但能使棉籽餅粕中的棉酚分解成無毒成分，而且在發酵過程增加了微生物代謝的副產物和維生素B2、維生素B6、煙酸、泛酸、肌醇、維生素K、氨基酸、碳水化合物、脂肪酸等含量。并使料餅內的纖維素分解轉化成有價值的菌體蛋白，從而較大幅度地提高了料餅的蛋白質含量。

制作方法：先將棉餅加水調成料漿，然后加入微生物培養液(該培養液可在反芻動物的胃液中獲得)再加微量的半胱氨酸鹽或硫甘醇鈉鹽作為還原劑而產生厭氧環境，在40-43℃下恒溫培養數小時后，烘干(溫度在43℃以下)，制成餅塊狀物料(培養物)。然后取1000份棉籽餅粕，加適量清水調成漿糊狀，加10份微生物培養液，充分攪拌，再加入100份培養物和1/10份半胱氨酸鹽，充分攪拌均勻，在40℃的溫度下培養48小時，烘干壓成餅狀料即可。據測定，此法能使壓榨棉籽餅的干基游離棉酚含量從0.065％降低至0.025％。

采用微生物棉餅脫毒劑發酵。微生物棉餅脫毒劑又稱纖維素酶制劑。纖維素酶制劑本身是一種蛋百酶、淀粉酶、果膠酶和纖維素等組成的多酶復合物。方法是：按棉餅重的50％加清水拌濕，再加入少量的玉米面、麥麩作為輔助發酵劑，再按棉餅重的0.1％加入微生物棉餅脫毒劑，充分拌勻后放入缸或在水泥地上堆積發酵，經3-5天后，棉餅上長出少許灰白色菌絲，并發出甜、香、酸、酒味，此時發酵結束。