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在各種水體，特別是污染水體中存在有大量的有機(jī)物質(zhì)，適于各種微生物的生長，因此水體是僅次于土壤的第二種微生物天然培養(yǎng)基。水體中的微生物主要來源于土壤，以及人類的動物的排泄物及污染。水體中微生物的數(shù)量和種類受各種環(huán)境條件的制約。
一般認(rèn)為，水中微生物以革蘭氏陰性桿菌占有較大優(yōu)勢。與其他水體相比，河水及溪水中革蘭氏陽性菌相對較多，這是因?yàn)殛懙匚⑸餂_洗污染的緣故。
水體中的致病性微生物一般并不是水中原有微生物，大部分是從外界環(huán)境污染而來，特別是人和其它溫血動物的糞便污染。水中常見的致病性細(xì)菌主要包括：志賀氏菌、沙門氏菌、大腸桿菌、小腸結(jié)炎耶爾森氏菌、霍亂弧菌、副溶血性弧菌等。
在實(shí)際控制中，對水質(zhì)衛(wèi)生質(zhì)量的評價(jià)和控制，是無法對各種可能存在的致病微生物一一進(jìn)行檢測，而一般利用對指示菌的檢測和控制，來了解水體是否受到過人畜糞便的污染，是否有腸道病原微生物存在的可能，從而評價(jià)水的質(zhì)量，以保證水質(zhì)的衛(wèi)生安全。
目前，世界各國一般認(rèn)為大腸菌群是指示水質(zhì)受糞便污染較好的指示菌。
我國水質(zhì)控制也采用大腸菌群作為指示菌，GB5749-2006《中華人民共和國國家標(biāo)準(zhǔn) 生活飲用水衛(wèi)生標(biāo)準(zhǔn)》規(guī)定，生活飲用水中大腸菌群不得檢出。
在某些情況下，水體中的細(xì)菌總數(shù)也可指示水體受糞便等污染物污染的情況。這里的細(xì)菌總數(shù)其實(shí)是指營養(yǎng)瓊脂培養(yǎng)后形成的菌落總數(shù)。目前世界各國對于控制飲用水的衛(wèi)生質(zhì)量，除采用大腸菌群等指標(biāo)外，一般還采用菌落總數(shù)這個(gè)指標(biāo)。我國GB5749-2006《中華人民共和國國家標(biāo)準(zhǔn) 生活飲用水衛(wèi)生標(biāo)準(zhǔn)》中規(guī)定生活飲用水菌落總數(shù)每毫升不得超過100個(gè)。
GB5750-2006《中華人民共和國國家標(biāo)準(zhǔn) 生活飲用水標(biāo)準(zhǔn)檢驗(yàn)法》提供了水質(zhì)中菌落總數(shù)和總大腸菌群的檢測方法。
（一）菌落總數(shù)的檢測：
國家標(biāo)準(zhǔn)中，菌落總數(shù)是指1ml水樣在營養(yǎng)瓊脂培養(yǎng)基中，于36℃±1℃經(jīng)48h培養(yǎng)后，所生長的菌落總數(shù)。
對生活飲用水，直接吸取1ml水樣于平皿中，加入營養(yǎng)瓊脂后混勻，36℃±1℃培養(yǎng)48h，進(jìn)行計(jì)數(shù)。
對水源水，根據(jù)情況對樣品進(jìn)行10倍梯度稀釋，選擇適宜稀釋液1ml，加注平皿，營養(yǎng)瓊脂混勻，36℃±1℃培養(yǎng)48h，進(jìn)行計(jì)數(shù)。
按照規(guī)定格式報(bào)告每毫升水中菌落總數(shù)。
（二）總大腸菌群的檢測：
國家標(biāo)準(zhǔn)中，利用總大腸菌群作為糞便污染的指標(biāo)。總大腸菌群是指一群需氧及兼性厭氧的，36℃±1℃生長時(shí)能使乳糖發(fā)酵，在24h±2h內(nèi)產(chǎn)酸產(chǎn)氣的革蘭氏陰性無芽胞桿菌。水樣中總大腸菌群數(shù)的含量，表明水被糞便污染的程度，而且間接地表明有腸道致病菌存在的可能。
國家標(biāo)準(zhǔn)提供了多管發(fā)酵法及濾膜法檢測總大腸菌群的方法。
多管發(fā)酵法檢測總大腸菌群，分為三步：初發(fā)酵試驗(yàn)，平板分離，復(fù)發(fā)酵證實(shí)試驗(yàn)。初發(fā)酵試驗(yàn)，采用乳糖蛋白胨培養(yǎng)液37℃培養(yǎng)24h，觀察產(chǎn)酸產(chǎn)氣情況。對陽性管培養(yǎng)物，接種于品紅亞硫酸鈉培養(yǎng)基或伊紅美藍(lán)培養(yǎng)基，觀察菌落特征，并進(jìn)行革蘭氏染色和鏡檢。對典型和可疑菌落，接種于乳糖蛋白胨培養(yǎng)液，進(jìn)行復(fù)發(fā)酵證實(shí)試驗(yàn)，并根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)所附檢數(shù)表報(bào)告結(jié)果。
其中，對生活飲用水，初發(fā)酵試驗(yàn)接種水樣總量300ml，即100ml接種2管，10ml接種10管，采用兩個(gè)稀釋度，12支發(fā)酵管。對水源水，初發(fā)酵試驗(yàn)接種水樣總量55.5ml，即10ml接種5管，1ml接種5管，0.1ml接種10管，共采用三個(gè)稀釋度，15支發(fā)酵管。兩種接種方法，所用的檢數(shù)表是不同的。
濾膜法檢測總大腸菌群，就是利用微孔濾膜，過濾一定量水樣，將水樣中含有的細(xì)菌截留在濾膜上，然后將濾膜帖放在選擇性培養(yǎng)基上（如品紅亞硫酸鈉培養(yǎng)基），經(jīng)培養(yǎng)和證實(shí)試驗(yàn)后，直接計(jì)數(shù)濾膜上生長的典型大腸菌群菌落，并計(jì)算出每升水樣中含有的總大腸菌群數(shù)。
1．菌落總數(shù)測定中，應(yīng)選擇合適的稀釋度進(jìn)行。生活飲用水，國家標(biāo)準(zhǔn)規(guī)定每毫升不得超過100個(gè)，因此可以直接吸取1毫升到平板進(jìn)行培養(yǎng)。
2．總大腸菌群的測定方法，由于飲用水和水源水可能的污染程度不同，因此采用不同的接種量，檢數(shù)表也不相同。
3．當(dāng)接種量超過1毫升時(shí)，一般采用多倍濃度培養(yǎng)液。如配制3倍濃縮乳糖蛋白胨培養(yǎng)液50mL，加入100mL水樣后，總體積為150mL，培養(yǎng)液恢復(fù)到正常濃度。
4．濾膜法檢測總大腸菌群，一般在檢測較大量低濁度水樣時(shí)采用，大量水樣濾過濾膜后，水中所含有的所有細(xì)菌均截留在濾膜上。
