根據所使用的技術不同，實時熒光定量PCR可以分為：熒光探針和熒光染料兩種方法。
現將其原理簡述如下：
1. TaqMan熒光探針
TaqMan探針法是高度特異的定量PCR技術，其核心是利用Taq酶的3'→5'外切核酸酶活性，切斷探針，產生熒光信號。PCR擴增時在加入一對引物的同時加入一個特異性的熒光探針，該探針為一寡核苷酸，兩端分別標記一個報告熒光基團和一個淬滅熒光基團。探針完整時，報告基團發射的熒光信號被淬滅基團吸收；PCR擴增時，Taq酶的3'→5'外切酶活性將探針酶切降解，使報告熒光基團和淬滅熒光基團分離，從而熒光監測系統可接收到熒光信號，即每擴增一條DNA鏈，就有一個熒光分子形成，實現了熒光信號的累積與PCR產物形成wan全同步。而新型TaqMan-MGB探針使該技術既可進行基因定量分析，又可分析基因突變（SNP），有望成為基因診斷和個體化用藥分析的shou選技術平臺
2. SYBR熒光染料
在PCR反應體系中，加入過量SYBR熒光染料，SYBR熒光染料非特異性地摻入DNA雙鏈后，發射熒光信號，而不摻入鏈中的SYBR染料分子不會發射任何熒光信號，從而保證熒光信號的增加與PCR產物的增加wan全同步。SYBR僅與雙鏈DNA進行結合，因此可以通過溶解曲線，確定PCR反應是否特異。SYBR熒光染料法定量PCR的基本過程是：
① 開始反應，當SYBR染料與DNA雙鏈結合時發出熒光；
② DNA變性時，SYBR染料釋放出來，熒光急劇減少；
③ 在聚合延伸過程中，引物退火并形成PCR引物；
④ 聚合完成后，SYBR染料與雙鏈產物結合，定量PCR系統檢測到熒光的凈增量加大。
實時熒光定量PCR技術根據化學原理可以分為探針類和非探針類。探針類實時熒光定量PCR技術主要是利用與靶序列特異雜交的探針來指示擴增產物的增加；非探針類實時熒光定量PCR技術主要通過熒光染料來指示產物的增加。無論是探針類實時熒光定量PCR技術還是非探針類實時熒光定量PCR技術，檢測的都是擴增產物的增加量。但探針類實時熒光定量PCR技術增加了識別探針的具體的流程，操作的難度較大。