凡是需要做分子生物學實驗的lab，肯定逃不了要買一臺核酸定量的機器。目前最為流行的儀器是Nanodrop，只需滴加一兩微升的樣品，按一下按鈕，利用核酸的紫外吸收特性，即可得到濃度數據。近幾年，以Qubit為代表的基于特異熒光染料法的儀器也逐漸進入科研人員的視野。那么，這兩類儀器有什么區別，在使用時需要注意什么，如何根據實驗室需求來選購?如下文所示。

首先我們需要來理解兩臺儀器在核酸定量原理上的區別。正如方才所言，Nanodrop利用了核酸的紫外吸收特性。

Nanodrop

檢測方法原理為核酸、核苷酸及其衍生物都具有共軛雙鍵系統，能吸收紫外光，RNA和DNA的紫外吸收峰在260nm波長處。一般在260nm波長下，每1ml含1μg RNA溶液的光吸收值為0.022~0.024，每1ml含1μg DNA溶液的光吸收值約為0.020，故測定未知濃度RNA或DNA溶液在260nm的光吸收值即可計算出其中核酸的含量。此法操作簡便，迅速。若樣品內混雜有大量的核苷酸或蛋白質等能吸收紫外光的物質，則測光誤差較大，故應設法事先除去。NanoDrop及其它紫外分光光度計均采用紫外吸光度進行檢測，它無法區分出DNA、RNA、降解核酸、游離核苷酸及其它雜質。盡管紫外吸收定量法是最常用的一種DNA或RNA定量方法，但其讀數并不可靠，不能用于后續建庫的參考。

Qubit

Qubit熒光計是新一代核酸和蛋白定量儀，實驗臺上可以對DNA和RNA進行精準定量，它可以采用熒光染料檢測特定目標分子的濃度。它采用的是熒光檢測技術，該技術采用與DNA、RNA或蛋白質結合后才發出熒光的Molecular Probes® 染料。這些熒光染料可以特異地與不同種類的核酸鏈相結合，并在特定波長光源的激發下，發出熒光。其中，結合了核酸的熒光染料，相比那些游離的，信號可增幅數十倍至數百倍，因此可以和背景區分開來。目前，做測序的實驗室基本把Qubit當標配儀器了。

雖然以Nanodrop為代表的紫外吸收法在科研領域已經沿用了數十年，但由于原理上的限制，這一類儀器有無法避免的缺陷。

1、紫外吸收法無法區分DNA和RNA

這一點其實在原理上就很好理解了。如下圖所示，具有紫外吸收的結構是核酸的堿基，而DNA和RNA均含有堿基，因此當一份樣品同時含有DNA和RNA的時候，無論你本意是想測哪一個，均會高估其真實濃度。

而Qubit的熒光染料法則避免了這個問題。只要采用DNA、RNA特異的染料，就能有選擇性地測定樣品中的核酸濃度。下圖是Qubit的官方測試數據。這個實驗是在DNA樣品中混合入不同比例的RNA，并用Qubit法和紫外吸收法分別進行測定。當DNA的樣品足夠純時(DNA：RNA = 10：0)，兩種方法測得的數值并沒有顯著區別。但當混入的RNA越來越多，紫外吸收的數值也跟著升高(藍色和綠色柱子)，而使用雙鏈DNA染料的Qubit數值則沒有改變(紅色柱子)。使用RNA染料用Qubit進行測定，則會發現，隨著RNA混入的增加，讀數也跟著升高。

目前，雙鏈和單鏈DNA、RNA及蛋白質均有特異的熒光染料。也就是說，無需專門純化樣品，或者在未知污染程度的情況下，使用Qubit可以方便地得知濃度信息。

2、紫外吸收法的定量限較高

對于任何儀器分析，都具備其檢出限和定量限。Nanodrop標稱的檢出限是2ng/µl(雙鏈DNA)，然而定量限則遠高于此。其他的Nanodrop用戶也有類似的體驗，曾經在ResearchGate上看到說，低于50ng/µl的話就容易測不準，變異度會增大。以下同樣是來自Qubit的官方數據。當DNA的濃度低于某個程度時，紫外吸收法的偏差和變異度就突破天際了。

Qubit與紫外吸收法測定低濃度DNA時的偏差及變異度比較

這兩張圖中，紫外吸收法得到的偏差和變異度在我看來已經算小的了，要低于4 ng/µl雙鏈DNA才會出現問題。然而在實際使用中，低于10甚至20 ng/µl時就比較容易出亂子。而PCR產物膠回收等應用，最終的實際濃度往往就落在這個容易測不準的范圍內。

3、紫外吸收法對溶液的pH和鹽濃度敏感 

在研究物質吸光度時，我們總要明確地定義緩沖液的離子強度以及pH，這就說明，吸光度本身是受到這兩個因素影響的。

通常而言，偏酸的溶液，容易給出偏低的A260/A280數值。相反，偏堿的溶液則容易高估。相應地，也有報道稱，當用水作為溶劑時，紫外吸收測定的數值變異度增大，而當使用Tris或Tris-EDTA溶液進行測定時，重復性就提高了。這其中的原因，很可能是空氣中溶解入水中的CO₂濃度差異造成的。離子強度對于紫外吸收的影響比較復雜，這里不展開。

相比之下，熒光染料法對樣品的污染和pH等的容忍度較大。

4、紫外吸收法對降解比較嚴重的核酸無能為力 

這一點，同樣也是由紫外吸收原理的局限性所決定的。紫外吸收測定的對象是堿基，因此無論核酸是完整成鏈的，還是降解成單個游離核苷酸，該方法均無法加以區分。盡管我們可以通過A260/A280數值是否過大來估計核酸樣品的降解狀況，但卻無法選擇性地只測定那些結構完整的核酸的濃度。

而熒光染料通常結合的是核酸的鏈結構，并不會與游離的單核苷酸相互作用。不過話說回來，對于那些尚未降解成單個核苷酸而呈短鏈狀態的核酸，熒光染料法是無法將其與完整核酸區分開來的。

結語

如果在實驗中獲得的核酸樣品總是很純凈且均一(如原材料是容易對付的培養細胞，還用品質好的試劑盒進行抽提；而非奇奇怪怪的極端樣品，還要是自己配的試劑)，同時產量又很高，那紫外吸收法完全可以勝任，外加測定速度秒殺熒光染料法。此外，熒光染料法對溫度比較敏感，比如上一回是在25℃室溫制作并儲存的標準曲線，而這一回要測定樣品時實驗室空調壞掉，一下子有了3℃以上的溫差，那么標曲就得重新制作。同時，熒光染料要現用現配，樣品至少要染2min，花費的時間比紫外吸收法要長。