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圖像分析儀主要包括輸入（input）、中央信息處理機(jī)（central processor）和輸出（output）三大部分。實(shí)際上，工作程序并不是一成不變的，后面的步驟的信息常會(huì)反饋到前面，于是又重復(fù)前面的程序，具體步驟如下：
1．標(biāo)本成像 移動(dòng)標(biāo)本使需要觀察的部位在電視攝像機(jī)上得到適當(dāng)放大的圖像，標(biāo)本包括組織切片或電鏡照片或照相底片等。
2．圖像獲取 用電視攝像機(jī)或其他方法將圖像轉(zhuǎn)變?yōu)殡娦盘?hào)，在此過(guò)程中，攝像機(jī)的性能極重要，不能使用那些便宜的適用于監(jiān)視的電視攝像機(jī)，一定要用使圖像具有很好的清晰度的攝像機(jī)。
3．加強(qiáng)圖像 加強(qiáng)電子圖像（electronic image）使其更適合于分析。
4．檢測(cè)檢測(cè)（detection ）是圖像分析過(guò)程中設(shè)法從圖像中確定并且分離出需要分析灰度相的步驟，“相（phase）”是圖像中我們想要測(cè)量的部分的總稱。檢測(cè)是通過(guò)選擇一定的閾值來(lái)完成的，如果所需相比背景暗，那么所有暗于下限的東西都被選，例如相的灰度是20～50，20是下限，50是上限，背景的灰度小于20，檢定時(shí)暗于灰度20的東西都被選。如果所需相比背景亮，如免疫熒光細(xì)胞化學(xué)技術(shù)的標(biāo)本，那么亮于上限的東西都被選。如果所需相比背景亮，如免疫熒光化學(xué)技術(shù)的標(biāo)本，那么亮于上限的東西都被選，例如相的灰度是5～20，5是下限，20是上限，背景灰度大于20，所謂上限既指比灰度20淺的亦即灰度20以下的相被選，而背景是暗于上限的，不被選作測(cè)量。如果相暗于圖像某些部分而又亮于圖像的另一些部分，那就要在二限之間的部分選擇灰度了。
在檢測(cè)過(guò)程中要使用圖像框（image frame）和測(cè)量框（measurement frame）。檢測(cè)只在圖像框內(nèi)進(jìn)行，框的大小按需要而定，測(cè)量框在圖像之內(nèi)，是進(jìn)行測(cè)量的部位。兩個(gè)框之間的部分稱為保險(xiǎn)區(qū)。
圖像中每個(gè)被測(cè)物都有其特有的特征計(jì)算點(diǎn)（feature count point, FCP）,FCP在被測(cè)物的最底點(diǎn)。這樣當(dāng)換到相鄰的區(qū)域進(jìn)行測(cè)量時(shí)，不會(huì)使某圖形重復(fù)測(cè)量，可避免測(cè)量誤差，放置標(biāo)本的顯微鏡載物臺(tái)的移動(dòng)方式，可由計(jì)算機(jī)控制，用編制好的程序，使載物臺(tái)按一定方式移動(dòng)，也可以人工操作。圖中可以看出每個(gè)部位都將通過(guò)測(cè)量框，不會(huì)遺漏。
5．陰影校正校正圖像細(xì)節(jié) 直到正確無(wú)誤并達(dá)到能被測(cè)量的要求。所謂陰影（shading）是指人眼看來(lái)是均勻的視場(chǎng)內(nèi)存在著不均勻的電子反應(yīng)，這使得灰度相同的圖像成分由于在視場(chǎng)中所處位置不同而顯示出不同的灰度，這種影響必須校正才能使圖像得到準(zhǔn)確測(cè)量。陰影有三個(gè)主要的來(lái)源：
（1）圖像源的不均勻的光照。
（2）穿過(guò)透鏡時(shí)光路發(fā)生變化引起的透鏡陰影。
（3）顯像管本身的圖像靈敏度差異引起的掃描陰影。
任何圖像分析在具體運(yùn)用中都有這些陰影存在，前二者可通過(guò)精密安裝圖像分析儀來(lái)控制，后者可通過(guò)對(duì)顯像管的質(zhì)量嚴(yán)格篩選來(lái)減少影響。陰影可貯存起來(lái)，并且在每上次掃描時(shí)同步地從圖像信號(hào)中去掉。
6．測(cè)量經(jīng)以上各步驟后，可以用圖像分析儀的計(jì)算機(jī)對(duì)圖像進(jìn)行測(cè)量來(lái)取得所需的參數(shù)，如灰度、面積、長(zhǎng)度、個(gè)數(shù)等。原始的參數(shù)可由計(jì)算機(jī)轉(zhuǎn)化成容易理解的數(shù)值，例如面積可由某圖形所占像素?cái)?shù)轉(zhuǎn)化為平方微米，使觀察者容易理解。
7．資料分析 將資料進(jìn)行分類，并加以說(shuō)明，以便做出結(jié)論。也可將資料貯存，隨意可提取出來(lái)，供研究者使用。
8．其他事項(xiàng)
（1）標(biāo)本要清潔：如果標(biāo)本上有污點(diǎn)，研究者可分辨哪些是正常的免疫反應(yīng)產(chǎn)物，哪些是污染引起的，但儀器不會(huì)區(qū)別，只要是電視屏幕上測(cè)量框內(nèi)有的東西都會(huì)被測(cè)量，如測(cè)灰度時(shí)切片上有污點(diǎn)，會(huì)影響結(jié)果。
（2）電壓要穩(wěn)定：這一點(diǎn)是結(jié)合我國(guó)目前情況而言，雖然儀器使用時(shí)是通過(guò)穩(wěn)壓器的，也要經(jīng)常注意穩(wěn)壓器上的電壓指針是否穩(wěn)定，否則也影響結(jié)果。
（3）價(jià)格問(wèn)題：圖像分析儀廣泛應(yīng)用于工業(yè)、農(nóng)業(yè)、醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域，因此并不是價(jià)格愈貴就愈好，而要看我們的應(yīng)用目的及其性能，以免購(gòu)置一些用不著的昂貴的附件而造成浪費(fèi)。一般可以從以下三方面來(lái)考察儀器性能：在本專業(yè)范圍內(nèi)應(yīng)用的廣度、運(yùn)算的速度和操作的方便程度。
